BLAST er en datamaskinalgoritme som er tilgjengelig for bruk online på nettstedet til National Center for Biotechnology Information (NCBI), så vel som mange andre nettsteder. BLAST kan raskt justere og sammenligne en spørrings-DNA-sekvens med en database med sekvenser, noe som gjør den til et kritisk verktøy i pågående genomforskning.
Er BLAST en primær database?
BLAST er den mest brukte programvaren innen bioinformatikkforskning. Hovedfunksjonen er å sammenligne en sekvens av interesse, spørringssekvensen, med sekvenser i en stor database BLAST rapporterer deretter de beste treffene, eller "treffene", som finnes i databasen. Dette enkle programmet har to hovedapplikasjoner.
Er NCBI en database?
NCBI huser en serie databaser som er relevante for bioteknologi og biomedisin og er en viktig ressurs for bioinformatikkverktøy og -tjenester. Store databaser inkluderer GenBank for DNA-sekvenser og PubMed, en bibliografisk database for biomedisinsk litteratur. Andre databaser inkluderer NCBI Epigenomics-databasen.
Er BLAST bare ansatt i NCBI-databaser?
BLAST er tilgjengelig på nettet på NCBI-nettstedet. Ulike typer BLAST-er er tilgjengelige i henhold til søkesekvensene og måldatabasene.
Hvordan fungerer BLAST-databasen?
Hvordan fungerer BLAST? BLAST identifiserer homologe sekvenser ved å bruke en heuristisk metode som i utgangspunktet finner korte treff mellom to sekvenser; dermed tar ikke metoden hele sekvensrommet i betraktning. Etter den første kampen prøver BLAST å starte lokale justeringer fra disse første kampene.
